Corti
Attualmente, il Tribunale penale federale si compone di tre corti: la Corte penale, la Corte dei reclami penali e la Corte d'appello.
I giudici del Tribunale penale federale sono eletti dall’Assemblea federale. I giudici della Corte d’appello sono eletti specificamente per tale corte.
Alla Corte plenaria compete la costituzione della Corte penale e della Corte dei reclami penali, nonché la nomina dei presidenti e vicepresidenti delle corti, su proposta della Commissione amministrativa.
La Corte penale giudica in primo grado i casi che sottostanno alla giurisdizione federale in virtù degli articoli 23 e 24 del Codice di procedura penale svizzero (CPP). A ciò si aggiungono determinati ambiti di diritto penale e diritto penale amministrativo sulla base di altre leggi federali.
La Corte dei reclami penali statuisce sui gravami interposti contro le decisioni e gli atti procedurali della Polizia giudiziaria federale, del Ministero pubblico della Confederazione, nonché contro determinate decisioni dei giudici dei provvedimenti coercitivi e della Corte penale. In aggiunta, l'articolo 37 capoverso 2 LOAP conferisce ad essa diverse altre competenze, segnatamente nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e in quello del diritto penale amministrativo.
La Corte d’appello, autorità federale di seconda istanza, giudica gli appelli presentati contro le sentenze della Corte penale che pongono fine, in tutto o in parte, al procedimento, come pure le istanze di revisione.