Les Cours
Actuellement, le Tribunal pénal fédéral se compose de trois cours, une des affaires pénales, une des plaintes et une d'appel.
L’Assemblée fédérale élit les juges du Tribunal pénal fédéral. Les juges de la Cour d’appel sont élus pour siéger spécifiquement dans cette cour.
La Cour plénière est chargée de constituer la Cour des affaires pénales et la Cour des plaintes ainsi que de nommer le président et le vice-président de chaque cour, sur proposition de la Commission administrative.
La Cour des affaires pénales statue en première instance sur les infractions énumérées aux art. 23 et 24 du Code de procédure pénale suisse (CPP). À cela s'ajoutent certaines compétences de droit pénal général ou administratif fondées sur d'autres lois fédérales.
La Cour des plaintes statue sur les recours déposés contre les décisions et les actes de procédure de la Police judiciaire fédérale et du Ministère public de la Confédération, de même que contre certaines décisions du tribunal des mesures de contrainte et de la Cour des affaires pénales. De plus, l'art. 37 al. 2 LOAP lui confère diverses autres compétences, en particulier dans les domaine de l’entraide judiciaire internationale en matière pénale et du droit pénal administratif.
La Cour d'appel, autorité judiciaire fédérale de deuxième instance en matière pénale, statue sur les appels formés contre les jugements rendus par la Cour des affaires pénales, qui ont clos tout ou partie de la procédure, ainsi que sur les demandes de révision.